Ikan Nilem (Osteochilus hasselti) merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang memiliki potensi besar untuk dikembangkan. Informasi mengenai variasi morfologis dan genetik sangat penting untuk mendukung pengembangan budidaya Ikan Nilem. Penelitian ini bertujuan mengetahui variasi morfologis dan variasi genetik Ikan Nilem dari Sungai Serayu dan Balai Benih Ikan (BBI) Pandak Purwokerto. Metode yang digunakan untuk mengoleksi sampel Ikan Nilem adalah metode survei dengan pengambilan sampel secara purposive sampling. Sejumlah 40 ekor ikan Nilem dari 4 stasiun di Sungai Serayu dan 10 ekor ikan Nilem dari 1 stasiun di BBI Pandak telah dikoleksi. Sejumlah 53 karakter morfologis pada 50 sampel Ikan Nilem telah diamati. Sejumlah 14 karakter molekular 24 sampel Ikan Nilem telah diamati dengan metode PCR-ISSR (Polymerase Chain Reaction-Inter Simple Sequence Repeat). Selanjutnya data dianalisis dengan bantuan program MVSP 3.22. Dendogram hasil analisis karakter morfologis menunjukkan terbentuknya 3 cluster dengan persentase similaritas tertinggi (95,918%) dimiliki oleh populasi Serayu-Banjarnegara dan Serayu-Banyumas. Dendogram hasil analisis karakter molekular menunjukkan terbentuknya 3 cluster dengan persentase similaritas terendah dimiliki oleh populasi BBI Pandak. Kesimpulan penelitian ini adalah variasi morfologis dan molekular menghasilkan 3 cluster populasi Ikan Nilem.

Silver sharkminnow (Osteochilus hasselti) is one of freshwaterfish species which potential to be developed. Information regarding morphological dan genetic variations are required to support Silver sharkminnow farm. The aims of this study were to know morphological and genetic variation of Silver sharkminnow from Serayu River and Pandak Fish Hatchery Purwokerto. Silver sharkminnow samples were collected using survey method with purposive sampling. Fourty samples of Silver sharkminnow from Serayu River and ten samples from Pandak Fish Hatchery were collected. Fifty three morphological of fifty Silver sharkminnow samples were observed. Fourteen molecular characters of twenty four Silver sharkminnow samples were observed using PCR-ISSR (Polymerase Chain Reaction-Inter Simple Sequence Repeat) method. All collected data analyzed using MVSP 3.22. Dendogram resulted by morphological characters analyzis showed three cluster. The highest similarity percentage value was Serayu-Banjarnegara and Serayu-Banyumas population (95,918%). Dendogram resulted by molecular characters analyzis showed three cluster with the lowest similarity percentage was Pandak Fish Hatchery population. The conclusion of this research is morphological and molecular variation generated 3 cluster of Silver sharkminnow population.

Kata Kunci : Ikan Nilem (Osteochilus hasselti), Sungai Serayu, variasi genetik, morfologis, ISSR