Tujuan penulisan tesis ini adalah untuk mengetahui mengapa konflik di Papua masih terus berlangsung pasca pemberlakuan otonomi khusus di Papua. Sejak bergabung dengan Indonesia, masyarakat Papua selalu hidup dalam penderitaan. Penderitaan yang dialami oleh masyarakat Papua telah menjadi salah satu faktor pendorong bagi masyarakat Papua untuk memperjuangkan kemerdekaannya sebagai bangsa yang merdeka, lepas dari kekuasaan Indonesia. Berbagai macam usaha untuk memperjuangkan kemerdekaan Papua telah menyebabkan timbulnya konflik berkepanjangan antara pemerintah Indonesia dan masyarakat Papua. Konflik antara pemerintah Indonesia dan masyarakat Papua telah menelan begitu banyak korban, baik dari pihak masyarakat Papua maupun dari pihak pemerintah Indonesia. Ada berbagai macam usaha yang telah dilakukan oleh pemerintah Indonesia dan masyarakat Papua untuk dapat menyelesaikan konflik di Papua. Salah satu usaha untuk menyelesaikan konflik di Papua adalah dengan cara pemberlakuan Otonomi Khusus di Papua. Sejarah kelahiran Otonomi Khusus merupakan sejarah perjuangan rakyat Papua untuk dapat segera mengakhiri konflik yang terjadi antara pemerintah Indonesia dan masyarakat Papua. Bagi pemerintah Indonesia, Otonomi Khusus merupakan salah satu pilihan terbaik yang dapat dilakukan dalam upaya menghadapi berbagai tekanan dari masyarakat Papua yang menuntut untuk merdeka. Namun, dalam jangka waktu beberapa tahun pasca pemberlakuan Otonomi Khusus di Papua, masalah konflik dan kekerasan masih terus terjadi di Papua. Dalam proses pembentukan dan implementasi Otonomi Khusus masih dihadapkan oleh berbagai macam tantangan dan persoalan termasuk di antaranya adalah kurangnya rasa percaya diperlihatkan oleh pemerintah Indonesia dan masyarakat Papua dalam proses implementasi Otonomi Khusus. Periode pasca pemberlakuan Otonomi Khusus masih diwarnai dengan adanya masalah-masalah yang berhubungan dengan perwakilan, kebijakan-kebijakan yang tidak sesuai dengan kebudayaan lokal, eksploitasi sumber daya alam yang tidak seimbang dan kesenjangan antara kelompok masyarakat yang semuanya ini berpotensi sebagai pemicu konflik di Papua. Begitu banyaknya persoalan seputar pembentukan dan pemberlakuan Otonomi Khusus di Papua telah menyebabkan pemberlakuan Otonomi Khusus di Papua belum dapat membantu masyarakat Papua untuk memperoleh tingkat kesejahteraan yang diimpikan oleh masyarakat Papua. Oleh karena itu, saat ini sedang berkembang wacana Dialog Papua-Jakarta untuk dapat membantu proses penyelesaian konflik di Papua yang telah berlangsung selama puluhan tahun. Dialog Papua-Jakarta diharapkan dapat membangun kembali sikap percaya antara pemerintah Indonesia dan masyarakat Papua. Sikap percaya ini sangat penting dalam proses penyelesaian konflik di Papua.

The purpose of this thesis is to find out why the conflict in Papua are still ongoing post-implementation of special autonomy in Papua. Since joining Indonesia, Papuans are always living in misery. Suffering endured by the people of Papua has become one driving factor for the people of Papua to fight for its independence as an independent nation, free from Indonesian rule. A variety of efforts to fight for Papuan independence has led to the emergence of long-running conflict between the Indonesian government and people of Papua. The conflict between the Indonesian government and people of Papua has claimed so many victims, both from the people of Papua and the Indonesian government. There are various efforts made by the Indonesian government and Papuan people to be able to resolve the conflict in Papua. One attempt to resolve the conflict in Papua is by way of the implementation of special autonomy in Papua. The history of the birth of the Special Autonomy is the history of the struggle of the Papuan people to quickly end the conflict between the Indonesian government and people of Papua. For the government of Indonesia, special autonomy is one of the best options that can be done in order to face various pressures from society that demands for an independent of Papua. However, within a period of several years after the implementation of special autonomy in Papua, the problem of conflict and violence still continue occur in Papua. In the process of formation and implementation of special autonomy is still confronted by various challenges and problems including lack of confidence shown by the Indonesian government and people of Papua in the process of implementation of special autonomy. The post of Special autonomy is still colored by the existence of problems relating to the representation, the policies that are inconsistent with local culture, exploitation of natural resources that are not balanced and the gap between groups of people who all have the potential as a trigger of conflict in Papua. So many problems surrounding the establishment and implementation of special autonomy in Papua have led to the implementation of special autonomy in Papua has not been able to help the people of Papua to obtain the level of welfare that envisioned by the people of Papua. Therefore, it is currently developing discourse Dialogue Papua- Jakarta to be able to assist the process of resolving the conflict in Papua that has lasted for decades. Dialogue Papua-Jakarta is expected to rebuild trust attitude between the Indonesian government and people of Papua. The attitude of trust is very important in the process of resolving the conflict in Papua.

Kata Kunci : konflik Papua, separatisme, Otonomi Khusus,perdamaian, resolusi konflik Papua dan dialog Papua-Jakarta.