Laporkan Masalah

Konstruksi Open Reading Frame yang tersusun dari 1191 pasangan basa Nukleotida dengan susunan basa acak

MACHMUDI, Ir. (Irfan Dwidya Prijambada, M.Eng.,Ph.D

2002 | Tesis | S2 Biotekologi

Protein ditemukan di dalam setiap sel hidup dalam jumlah yang banyak sehingga mencapai lebih dari 50 % berat kering sel. Protein mempunyai fimgsi biologis, baik dalam keadaan larut maupun tidak larut. Penelitian tentang protein selama ini lebih banyak dilakukan pada protein alami dan protein alami yang dimodifikasi. Protein alami mempunyai sejarah evolusi panjang setelah melewati hambatan dan spesialisasi sebagai tanggapan terhadap seleksi alam, sehingga tidak dapat mencerminkan sifat umum protein. Oleh karena itu, sifat protein mungkin dapat dipahami lebih baik dengan mempelajari protein yang belum terseleksi. Tujuan penelitian ini adalah mengkonstruksi rangkaian open reading frume (OW) artifisial, yang terdiri dari 1191 pasang basa nukleotida dengan susunan basa acak dan kemudian mengekspresikannya untuk memperoleh protein yang belum terseleksi. Pemanjangan fragmen DNA acak artifisal dilakukan dengan ligasi pada vektor PUCK, sedangkan vektor ekspresi pEOR digunakan untuk mengekspresikan ORF tersebut dalam sel inang Escltericlziu coli KP3998. Ekspresi ORF diinduksi oleh isopropyl-,kLD fhioguluctopyrunoside (IPTG) Hasil penelitian menunjukkan bahwa transfonnasi E. coli KP3998 menggunakan plasmid rekombinan pEOR yang membawa ORF artifisial (pEOR9MPD), menghasilkan 3 1 transforman yang tahan terhadap ampisilin. Pengujian terhadap topologi plasmid dan pola restriksinya menghasilkan 5 transforman yang membawa DNA plasmid rekombinan dengan panjang sisipan sesuai yang diharapkan. Uj i ekspresi protein dari 5 transforman menunjukkan bahwa kelima transforman tidak dapat mengekspresikan protein artifisial. Dengan demiluan, dapat disimpulkan bahwa open reuding frume (OW) artifisial yang dikonstruksi dari 1191 bp dengan susunan basa acak tidak dapat diekspresikan dalam E. colz KP3998

Proteins are found abundantly in living cells that they may contribute to more than 50% of total dry weight of cells. Protein has biological function both in soluble or insoluble forms. At present, researches on proteins are mostly carried out on natural proteins or on modified natural proteins. Natural proteins have a long history of evolution following their selection and specialization in response to natural selection. Therefore, the study of natural proteins will not give general characteristics of proteins. Protein characteristics may then be better understood by studying unselected proteins. The objective of this research was to construct artificial Open Reading Frames (OW), which contain 1191 bp nucleotides of random sequences and then to express them to produce unselected proteins. Fragment elongation of the artificial random DNA was done by ligating them to an elongation vector PUCE, while expression vector of pEOR was used to express the OW in Escherichia coli KP3998. Expression of the ORF was induced by isopropyl - p - D thiogalactopyranoside (IPTG). The results showed that transformation of E. coli KP3998 using recombinant plasmid pEORs carrying artificial OW (pEOR9MPD) produced 3 1 ampicillin-resistant transformants. Examination of plasmid DNA topology and its restriction pattern resulted in 5 transformants which carried a recombinant plasmid with an expected length of DNA fragment insertion. Examination of protein expression of the 5 transformants showed that they were not able to express the artificial protein. Therefore, it can be concluded that artificial open reading frames which were constructed from 1191 bp nucleotides with random sequences were not expressible in E. coli KP3998.

Kata Kunci : Bioteknologi,Protein Artifisial,Open Reading Frame,randomized DNA library, artificial open reading frames (ORF), expression of artificial OW, artificial protein


    Tidak tersedia file untuk ditampilkan ke publik.